农村村民在集体土地上申请建房用地时，需遵循以下程序：首先向所在集体组织提交申请，经集体审核后报送县（市）人民政府审批。获批后，申请人需向县（市）土地行政主管部门申请办理集体土地使用权登记，由县（市）人民政府核发《集体土地使用证》。该证书俗称"宅基证"，是农村村民合法取得房屋所有权和土地使用权的法律凭证。根据现行规定，宅基地使用权可在本集体组织成员之间流转，但禁止向集体组织以外的个人或机构转让。这一制度既保障了农民的基本居住权益，也维护了农村土地集体所有的根本性质。